エンディング一覧 
- 01~12まではラヴォスを倒す時期が影響
- DS版追加部分のスタッフロールをスキップする方法は無いようです
| No | 名称 | 条件 |
|---|
| 01 | 時の向こうへ | クロノ復活後 |
| 02 | 再開 | クロノ死亡状態 |
| 03 | ドリームプロジェクト | 強くてニューゲーム直後にラヴォスを倒す(右側のテレポッドを調べる) 海底神殿でラヴォス倒す |
| 04 | ガルディアを継ぐもの | リーネとマール救出後、最果てにいくまで |
| 05 | おやすみ | 時の最果てから中世まで |
| 06 | 伝説の勇者 | 中世からタータにバッジもらうまで |
| 07 | 知られざる過去 | バッジ入手からゲートホルダー盗まれるまで |
| 08 | 時の中に生きる人々 | ゲートホルダー取り返してからグランドリオン渡すまで |
| 09 | 友との誓い | グランドリオン渡してから魔王戦まで |
| 10 | ディノエイジ | 魔王戦からアザーラまで |
| 11 | 予言者が求めるものは | アザーラからサラが封印解くまで orゲート封印からクロノ死亡まで |
| 12 | 反省会 | サラが宮殿の封印の扉を開いてからペンダントに光を戻すまで(超短期間) |
| 13 | 夢の終わりしとき | 時の闇の彼方で待つ新たなる脅威「夢喰い」を倒す |
| XX | 世界崩壊 | ラヴォスに負ける(バッドエンド) ギャラリーのリストには追加されない |
クリア後セーブについて 
- 最終セーブポイントからの再開となり、セーブ後に使用したアイテムなどはセーブ前の状態に戻る
ギャラリーの情報のみ更新される
- 例:EDNo09の場合
グランドリオンを渡してカエル加入後「お化けカエルの森」の前でセーブ
そのままセーブなしで時の最果てのバケツからラヴォスに挑みクリアすると、
ギャラリーにED09が登録された状態で「お化けカエルの森」から始めれる
(ラヴォス戦前にセーブするより時の最果てからの移動距離分、本編復帰が楽になる)
ゲーム終盤のエンディングについて 
海底神殿以降のエンディングは基本的な流れは一緒だが、以下の条件で変わってくる。
- クロノの生死(死の山で復活させたかさせなかったか)
最も変化の大きい条件。復活前はクロノがEDに登場しない。
ED序盤シーンの差し換えと後半シーンが差し換えされる。
- 魔王の生死(北の岬で仲間にしたか戦って倒したか)
倒しているとEDに魔王が登場しなくなる。スタッフロール中の
魔王とカエルのシーンが他のものに差し換え。
- シルバードを壊したか壊さなかったか(1999年でラヴォスに特攻すると大破)
壊すとED後半のシーン差し換え。
- ララを助けられたかられなかったか
EDでのララの台詞が変化する。
- 時の卵をもらったかもらっていないか(1でクロノ復活前)
ED序盤にシーン追加。後半のシーン差し換え。
- 虹色の貝殻のイベントで現代の大臣を助けたか助けなかったか(1でクロノ復活後)
助けていない場合はEDで別の人物(ピエール;王国裁判の弁護士)が大臣の代わりを勤める。
- クロノの家のネコの数(1でクロノ復活後)
EDでゲートに吸い込まれるネコの数と連動。たくさん増やしていた時の吸い込まれっぷりはなかなか壮観。
その他
- クロノ復活前+シルバード壊さない
EDラストにクロノとマールの鳥山画1枚絵が出る。
- クロノ復活前+魔王倒す+シルバード壊さない
魔王を倒しただけでは後ろ姿しか見られないグレンが正面を向き、台詞まであるEDになる。